眼药水制备时需满足无菌、等渗、适当的酸碱度等质量要求，开封后与外界空气接触，使用时还可能与眼睑、眼睫毛接触，这都可能污染眼药水，大大缩短保质期。因此，眼药水开封后建议在一个月内用完，超过这个时间就不建议再用。
除了一些有特殊保存温度要求的眼药水（如重组牛碱性成纤维细胞生长因子滴眼液）要放置冰箱冷藏室保存外，多数眼药水只要密闭放在阴凉干燥处保存即可。有时将眼药水放置冰箱保存不仅不能“保鲜”，如果瓶盖没拧紧，其中的水分蒸发，还可能改变眼药水的渗透压，不利眼睛健康。需要在冰箱冷藏的眼药水，放进去前应确保瓶盖拧紧，最好用塑料袋扎紧后再放进去。
除了一些有特殊保存温度要求的眼药水（如重组牛碱性成纤维细胞生长因子滴眼液）要放置冰箱冷藏室保存外，多数眼药水只要密闭放在阴凉干燥处保存即可。有时将眼药水放置冰箱保存不仅不能“保鲜”，如果瓶盖没拧紧，其中的水分蒸发，还可能改变眼药水的渗透压，不利眼睛健康。需要在冰箱冷藏的眼药水，放进去前应确保瓶盖拧紧，最好用塑料袋扎紧后再放进去。
现在市面上已经有很多单剂量小包装的眼药水，可以避免出现上述问题。用眼药水前应阅读说明书，如果出现眼药水颜色变化、浑浊、絮状物等情况，不宜再用。
贴士：眼药水是药品，不是保健品。
即使是缓解眼疲劳的滴眼液，还是少用为妙。有一些人感到眼睛不适就使用抗菌素眼药水和激素类眼药水，这会使眼部菌群失调，可能诱发非致病菌性角膜炎、结膜炎造成二重感染，加重病情，还易产生全身耐药性。
一般眼药水中都含有防腐剂。虽然说微量防腐剂对眼睛损伤并不大，但多次使用眼药水，长期过度接触防腐剂，可能会对眼睛产生伤害，导致正常泪膜受到破坏，角膜上皮细胞出现损伤。
像激素类眼药水，只可以用在控制疾病进度及缓解症状，长期使用会使部分人群眼压升高，引起继发性青光眼，更为严重者还会导致丧失视力。还有少数人会对药液中某些成分出现过敏反应，严重者可危及性命。如因某种眼病需用眼药水时，最好在眼科医生的指导下使用。
