据福建省环保厅公布的文件，南靖县这9家造纸企业存在六大问题，包括违反环评制度、环保治理设施运行不正常等。9家造纸企业大部分采用河水作为生产用水，没有安装计量装置，无法核算全厂水平衡，不同程度存在环保档案管理、环保设施运行台账不规范的问题。
福建省环保厅责成漳州市环保局，对造纸企业存在环境违法问题依法立案查处，责令限期整改。对6家化学沤浆企业产生的黑液去向作进一步调查取证，如符合“两高”司法解释规定涉嫌环境污染犯罪的，坚决移送司法机关侦办。挂牌期限至2015年3月31日。
南靖造纸厂污染九龙江水质的问题，此前就有不少市民向海都报反映。今年11月份，海都报推出“挺进九龙江保护母亲河”大型策划，记者根据村民反映，在南靖荆江、龙山溪等水域发现多家造纸厂涉嫌违规将污水直排九龙江(详见本报11月19日A18版报道)。
●违反环评制度
信豪再生纸、鑫福纸业、林星纸业、山城顺发纸厂、银湖纸制品、恒华纸制品6家企业生产规模发生重大变化，未重新补办环评审批手续;国元纸业批大建小。
欣达纸品、山城顺发纸厂、林星纸业、鑫福纸业、银湖纸制品、恒华纸制品等6家企业采用化学沤浆制浆，虽都和危废处置单位签订协议，但实际上沤浆黑液(属危废)未规范处置，大量黑液去向不明。
●环保治理设施运行不正常
欣达纸品沤浆池和碱液循环泵跑冒滴漏的高浓废水未有效收集，从地面渗漏外流，抄纸车间真空泵滴漏废水进入车间雨水沟外排;自动在线监控设施今年8月损坏，至今未修复。
山城顺发纸厂、银湖纸制品部分生产废水，通过雨水沟排入污水处理设施。其中，顺发纸厂还存在污水处理设施气浮装置损坏、生化池挂膜脱落均没有修复等问题，调阅今年的在线监控历史数据多次严重超标。
林星纸业废水收集池底部连接有一条设有阀门直通外环境的管道。
