医药工业在自主开发的道路上，将面临严峻的挑战。
　　医药业历史悠久。它的产生，对于人类文明的进步起到了难以估量的作用，因而它被称为“永不衰落的产业”。而现代医药业，产生也不过近百年的历史，却成了国民经济重要的组成部分。在中国，现代医药工业是在新中国成立后建立的，它与传统中医药一道，为保障人民的健康作出了巨大的贡献。但我国医药业的发展水平，与我国12亿人口的现实需求远不能适应。究其原因，主要有两点：其一，长期以来，我国忽视了医药业很突出的特点,即具有显著的社会效益和经济效益，这是其他工业行业无法比拟的。其二，在计划经济体制下，医药业同其他行业一样，被统得过死，管得过严，企业根据没有发展的条件和空间。
改革开放以来，特别是社会主义市场经济体制开始建立以来，市场对资源配置的功能逐步发挥作用，我国医药工业走出福利事业的误区，开始踏上了市场经济竞争的征途，此时加入WTO，将有助于我国医药工业的发展。
首先，加入WTO，特别是有关WTO对知识产权的保护，必将加快我国医药工业以仿制为主走向自主开发道路的进程，从而促进我国医药业的迅速发展。到目前，我国医药产品的生产一直以仿制为主，医药自主开发体系尚未形成，加之管理水平低下，致使医药工业发展水平提高缓慢。对知识产权实施保护，促使我们尽快转向自主开发为主，加快创制新药。另外，保护知识产权对于促进我国对外经济技术合作提供了更高的保险系数，使国外医药企业放心与我国进行合作。目前像西安扬森、天津史克等中外合资企业就是范例。还有，对知识产权的保护同时也保护了我国自己的科技人员，有利于促进医药工业领域的科技人员改进工艺技术，提高生产效益，努力研制新型药品的积极性。
其次，加入WTO为我国医药产品进入国际市场竞争创造了条件。我国西药尽管总体水平不高，但也有产品达到或接近国际水平的；中成药是我国医药的出口拳头产品；还有医药器械中的普通设备和手术器械等中低档产品已达到或接近国际水平，这些产品在国际市场上还是有竞争力的。加入WTO后我们的这类产品就能比较顺利地进入国际市场参与竞争。
但是，我国医药工业也将面临巨大的困难和压力。
我国医药工业从无到有，逐渐实现广大人民能以较低廉的开销用上安全有效的药品，其中技术方面最主要的功绩就是仿制外国药品。当然，对于所有发展中国家来说，仿制是不可逾越的历史阶段。建国以来，我国生产的西药品有3000多种，99％的是仿制的。近年来生产的873种西药中，97.4％是仿制的。而如今加入WTO与国际市场接轨，就必须按国际规则办事，这个规则就是WTO中的知识产权保护。这对我国医药工业将是最大的冲击。
目前我国西药，工业底子薄、负担太重而中药品发掘开发除少数药品外，绝大多数的现代化进程缓慢，拖了整个医药业的后腿。由于政策上的原因，我国医药业从福利事业转轨时间太短，技术落后、设备陈旧，人员素质也不高。总体生产水平大致落后国际先进水平20年，因此产品的质量不稳定。一旦加入WTO，国外高质量药品涌入，势必危及国产药的市场，进而危及整个医药行业，高、精、类的诊断、治疗设备同国际水平相比差距极大，许多高技术产品国内不能生产。我国每年花在进口这些设备上的外汇就达数十亿美元，约占国内医疗器械产值的2／3。现代医药工业是高投入、高风险、高效益的高科技产业。开发一项新药，一般耗时10年左右，国外耗资1亿美元，国内至少也要两亿人民币，否则无法完成筛选、病理研究、药理分析、临床实验这一系列不可缺少的复杂程序。而近年来，国家每年专用于新药开发的资金却很少，困难之大不言而喻。医药产品是一项特殊的商品，国际卫生组织为确保药品质量而制定和执行的药品生产管理规范--GMP。国际上都把是否实行GMP看成药品质量有无保证的先决条件。而目前我国医药生产企业除中外合资企业和国有骨干企业外，能达到该标准的为数不多。这不仅制约了国内药品质量的提高，也严重阻碍了我国药品进入国际市场。