经济全球化，贸易自由化，市场无国界，给各国港口发展带来了机遇，同时也带了挑战。面对这种形势，各国港口各施其能，呈现出迅猛发展之势。与之相比，我国港口还存在着许多问题需要解决。
　　深水航道、大型码头不足
　　目前我国的大型化综合化港口较少，深水化港口更少。上海港港区较大，但航道并不是很深。宁波北仑港航道较深，但也只能通行３０万吨以下的船舶。随着船舶大型化发展步伐加快，新世纪初，５０００ＴＥＵ、吃水在１４米以上的第五代、第六代集装箱船舶将成为世界航运界的主型船舶，而且１００００ＴＥＵ以上，吃水在１５米至１８米的超大型集装箱船也有可能投入设计运行。因此我国必须从宏观角度出发，对港口的水深、码头的规模、装卸运输设施作彻底的变革，以适应发展的需要。
　　管理信息化水平较低
　　目前荷兰鹿特丹港等世界大港已实行了全面的信息化管理，而我国港口的信息化水平、办公自动化无纸化水平，还处于相当低的程度。随着港口航道的加深、船型的加大，每小时的运营成本逐步提高，要求港口必须进出顺畅、装卸及时、服务全天候，各类商品与物资的通关集疏、储运、配送也必须在极短时间内完成，这就需要构筑强大的信息平台，以现代化的信息技术作支撑，以条型数码技术、计算机互联网络技术、全球卫星定位技术、电子数据交换技术作为管理手段。
　　港口布局网络化程度较差
　　中国目前还没有形成一种中心港、区域性枢纽港、区域性喂给港相结合的港口网络。拿辽宁的港口来说，大连、营口、锦州、丹东都在加大力度发展集装箱运输，结果力量分散，没有形成较大规模，不能形成喂给港和枢纽港的格局。新世纪港口网络中将大量存在的，是区域性喂给港，其主要功能是向本区域的国际枢纽港输送和运出国际贸易货载。
在全球经济逐步自由化与市场化的进程中，世界各国港口都在积极采取承包、租赁、参股、合资、独资、产权让渡等方式，扩大民间资本在港口经营中的决策权和支配权，与国际惯例接轨。我国港口这方面做得比较好的是锦州港，京唐港也是投资多元化的典范。目前，中国港口需尽快搞好资本运营，变传统意义上的社会公益性港口为经济效益型港口。
　　港口物流中心地位没有形成
　　由于中国港口布局网络不太合理，枢纽港喂给港还没有真正形成，信息化水平较低，所以港口物流中心的地位还没有真正形成。从港口业务的发展方向看，港口除了发挥其装卸、集疏港船货的功能外，还要主动参与组织物流环节的各项活动，使各种商品物资的运输、包装、分拣、仓储、生产加工、配送营销、资金流动、直至消费后的废旧处理等等，衔接与协调，努力向全球国际贸易和运输体系中的物流中心靠心。