绿色食品和未经认证的食品在包装方面存在的问题基本上是一致的。从绿色食品的发展历程以及相关的标准制定过程及质量监督看来，对于食品绿色环保包装的真正重视比较晚，2006年下半年才正式出台了《绿色食品包装通用规则》。
《绿色食品包装通用规则》规定了绿色食品的包装必须遵循的原则，包括绿色食品包装的要求、包装材料的选择、包装尺寸、包装检验、抽样、标志与标签、贮存与运输等内容。该规则要求根据不同的绿色食品选择适当的包装材料、容器、形式和方法，以满足食品包装的基本要求。包装的体积和质量应限制在低水平，包装实行减量化。在技术条件许可与商品有关规定一致的情况下，应选择可重复使用的包装；若不能重复使用，包装材料应可回收利用；若不能回收利用，则包装废弃物应可降解。
该规则对于塑料包装，特别提出：使用的包装材料应可重复使用、回收利用或可降解；在保护内装物完好无损的前提下，尽量采用单一材质的材料；使用的聚氯乙烯制品，其单体含量应符合GB 9681要求；使用的聚苯乙烯树脂或成型品应符合相应国家标准要求；不允许使用含氟氯烃（CFS）的发泡聚苯乙烯（EPS）、聚氨酯（PUR）等产品；对于产品外包装上印刷标志的油墨或贴标签的粘着剂特别强调应无毒，且不应直接接触食品。
该规则对绿色食品的包装提出的更多是原则性要求，仍然没有更加细化严格的数据标准，这确实是考虑到我国食品行业和包装行业的现实情况。
2008年1月，国务院办公厅下发《关于限制生产销售使用塑料购物袋的通知》明令，“从2008年6月1日起，在全国范围内禁止生产、销售、使用厚度小于0.025毫米的塑料袋”，在所有超市、商场、集贸市场等商品零售场所实行塑料购物袋有偿使用。2008年2月10日，国家相关部门公布的塑料袋国家标准征求意见稿，在很多方面给长久以来并不规范的塑料袋生产制造、运输贮存、经营销售做出了明确的规定。塑料袋国标的出台，抬高了行业的门槛，也带来了绿色包装的新商机。
有关专家建议我国抓紧制定包装法，明确生产包装产品要使用清洁的能源和原料，以立法的形式禁止使用含有有害成分的包装材料以及没有达到再循环比例的或不能再利用的包装容器和材料；尽快制定出过度包装的量化标准，明确禁止过度包装或一次性使用的包装；要规定避免产生包装废弃物，企业必须回收利用包装废弃物，或作为可用能源，剩下的包装废弃物以环境相容的方式填埋；政府应提倡购买和使用有利于保护环境的绿色包装商品，制定产业、财政、信贷和税收等方面的优惠政策。
