由于无菌包装技术是一系列的过程，单纯的某个环节的灭菌，并不能达到彻底灭菌的目的，被包装物品还是避免不了要受到微生物的侵扰。无菌包装是一个连续灭菌的过程，从被包装物品的输入，包装容器或材料的输入（或直接成型），被包装物品的充填以及最后的封合、冲切都必须在无菌的环境中进行。因此，近几年来，在食品包装行业出现了越来越多的无菌包装系统。
　　无菌包装系统主要包括包装容器输入部位、包装容器的灭菌部位、无菌充填部位、无菌封口部位、包装件的输出部位。但为了适用不同的包装容器包装材料，无菌包装系统的结构也不相同。下面略举几例加以说明。
　　一、无菌罐装包装系统
　　图7-2所示为无菌罐装包装系统，在此系统中产品与包装罐分别进行消毒灭菌。包装罐由传送带送入机器，然后通过消毒灭菌部位，在此部位包装罐被过热蒸汽消毒灭菌，蒸汽的温度约为200℃，但此蒸汽不是饱和蒸汽，因此这种蒸汽的杀菌效果与热空气相类似。包装罐经过消毒灭菌后，到冷却部位，在此部位用过压无菌空气降低包装罐的温度。当包装罐通过充填部位时，预先消毒灭菌的产品在充满过压无菌空气的无菌环境下，充填入罐。然后加上已经过消毒灭菌的罐盖，接口处用特殊设备焊合起来。最后将已封入产品的包装罐由输送带输出。

　　二、塑料瓶无菌包装系统
　　图7-3所示塑料瓶无菌罐装系统，这个系统采用过氧化氢对包装材料进行化学灭菌。两个塑料材料卷筒（一个作容器体，一个作容器盖）分别送入系统。卷筒1提供底部材料，卷筒13提供上盖材料。材料经过过氧化氢液洗涤，然后通过3、4两段，在那里过氧化氢或其中一部分因负压而分解，而后由4、11两个干燥器作用而使残留的过氧化氢分解。干燥部分也被应用于软化塑料。成型器6使容器成型，成型后的容器通过充填区域8。充填部位保持在过压无菌空气下充填，充填后容器离开充填部位进入封口部位12。同时上盖的材料通过过氧化氢槽9，再经加热元件10除去过氧化合物。然后将封口，密封后的包装件输出。

　　三、塑料袋无菌包装系统
　　图7-4所示为塑料袋无菌包装系统。在这系统中两个卷筒塑料薄膜上下合在一起，然后封成各自独立的小袋子。根据塑料材料的种类，可对这些包装袋采用不同的方式灭菌。已经过灭菌的产品由无菌针将产品灌进这些预先杀菌的包装袋内，满袋装后，在灌装点以下封口，完成无菌包装，输出无菌包装件。